El Jardín Botánico Regional de Cadereyta fue fundado el 25 de abril de 1991. Pertenece a la Secretaría de Educación del Gobierno del Estado de Querétaro y está adscrito al Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Querétaro.

Los terrenos en los que se encuentra el Jardín Botánico fueron, hasta 1990, propiedad del Ejido de Fuentes y Pueblo Nuevo. Los propietarios conscientes de la importancia de contar con un instituto dedicado al estudio de la conservación de la Naturaleza y sus recursos, decidieron entregar en comodato el terreno para la instalación y desarrollo de este organismo, con la intención de que se convirtiera en un refugio para la flora regional.

Desde 1952, el sitio que ocupa el Jardín Botánico ha tenido relevancia para la investigación, ya que en ese entonces se instaló un vivero en donde se plantaron Yucca filifera y Yucca valida, en 5 hectáreas. Posteriormente, el predio volvió a ser un simple agostadero, hasta el año de 1990.

En el año 2003, se inició un proceso de reestructuración que pretende conducir al Jardín Botánico Regional de Cadereyta a su consolidación como un espacio que promueve el desarrollo científico y social de la región del semidesierto queretano.

El Jardín Botánico lleva el nombre del Ing. Manuel González de Cosío, ex-gobernador de Querétaro y promotor incansable del aprovechamiento prudente de los recursos vegetales de México.